אני חושב שמדובר בבעיה מורכבת יותר ממה שציינת.
בדוק שהרווח בין הקול לוידאו נשאר קבוע לאורך כל הסרט.
רק עבור המקרה הנ"ל – הפתרון של YAAI יעזור.
אם זה המקרה, וYAAI לא עוזר, נסה את AviMUX – ראה כאן מדריך
אם זה לא המקרה (כלומר, הרווח בין השמע לוידאו משתנה) עליך לנסות להבין מה המרחק ביניהם – לבדוק באיזה דקה בדיוק מסתיים הקול – כנראה לפני סוף הסרט.
ואז, לנסות "למרוח" את הקול על הסרט.
או להוריד את כמות הפריימים (וממילא את האיכות).
בהצלחה.